Początki Atlético B sięgają roku 1970, kiedy to oficjalnie stało się ono filią Rojiblancos. Było to efektem połączenia Reyfra Atlético Club (utworzonego w 1966 roku satelickiego zespołu Colchoneros) i Aviaco Madrileño CF. Nowy twór został nazywany Atlético Madrileño Club de Fútbol i rozpoczął zmagania od Tercera División.
Na początku lat 90. zmiany w hiszpańskim prawie sportowym spowodowały, że kluby musiały zostać przekształcone w sportowe spółki akcyjne oraz posiadać drużyny rezerw. Ostatecznie Atlético Madrileño Club de Fútbol przekształciło się wówczas w Atlético B i od sezonu 1992-93 grało już nie jako niezależny klub, ale jako część Rojiblancos.
Największym sukcesem jest spędzenie jedenastu sezonów w Segunda División. W sezonie 1998-99 udało się nawet zająć w niej drugie miejsce, ale ponieważ pierwszy i drugi zespół nie mogą występować na tym samym poziomie rozgrywkowym, awans do Primera División był niemożliwy. Do ciekawej sytuacji doszło także na przełomie wieków. Kampania 1999-2000 zakończyła się siedemnastym miejscem na zapleczu hiszpańskiej ekstraklasy, ale ponieważ Rojiblancos spadli wówczas do drugiej ligi, rezerwy musiały zostać oddelegowane poziom niżej.
W Segunda División B z różnym skutkiem rezerwy spędziły piętnaście kolejnych sezonów, po których spadły w końcu do Tercera División. Wrócić do trzeciej ligi udało się po dwóch latach, dzięki zwycięstwu w swojej grupie i udanym przejściu przez baraże.
Kadrę Atlético B tworzą głownie najbardziej utalentowani piłkarze ze szkółki w wieku 19-21 lat oraz piłkarze sprowadzani z zewnątrz, którzy mają 19-25 lat.
KADRA NA SEZON 19/20:
Bramkarze: Diego Conde, Álex Dos Santos
Obrońcy: Joan Rojas, Josua Mejías, Álvaro García, José Carlos Aliaga, Manu Sánchez, Fernando Medrano, Ricard Sánchez, Fernando Medrano, Ricard Sánchez, Carlos Isaac, Andrés Solano
Pomocnicy: Juan Manuel Sanabria, Toni Moya, Josep Calavera, Tropi, Adrián Ferreras, Óscar Clemente
Napastnicy: Rodrigo Riquelme, Cedric Teguia, Abde, Germán Valera, Borja Garcés, Sergio Camello, Darío Poveda
OSIĄGNIĘCIA W KOLEJNYCH SEZONACH
Sezon | Rozgrywki | Wynik | Copa del Rey |
1969-70 | Tercera División | 5. miejsce | 3. runda |
1970-71 | Tercera División | 5. miejsce | – |
1971-72 | Tercera División | 3. miejsce | 3. runda |
1972-73 | Tercera División | 2. miejsce | 1. runda |
1973-74 | Tercera División | 11. miejsce | 3. runda |
1974-75 | Tercera División | 10. miejsce | – |
1975-76 | Tercera División | 5. miejsce | 3. runda |
1976-77 | Tercera División | 5. miejsce | – |
1977-78 | Segunda División B | 11. miejsce | – |
1978-79 | Segunda División B | 10. miejsce | – |
1979-80 | Segunda División B | 2. miejsce | – |
1980-81 | Segunda División | 14. miejsce | 3. runda |
1981-82 | Segunda División | 10. miejsce | 1/8 finału |
1982-83 | Segunda División | 13. miejsce | 2. runda |
1983-84 | Segunda División | 14. miejsce | 1. runda |
1984-85 | Segunda División | 14. miejsce | 3. runda |
1985-86 | Segunda División | 20. miejsce | 2. runda |
1986-87 | Segunda División B | 14. miejsce | 2. runda |
1987-88 | Segunda División B | 11. miejsce | 3. runda |
1988-89 | Segunda División B | 1. miejsce | 2. runda |
1989-90 | Segunda División | 20. miejsce | 2. runda |
1990-91 | Segunda División B | 8. miejsce | – |
1991-92 | Segunda División B | 7. miejsce | – |
1992-93 | Segunda División B | 7. miejsce | – |
1993-94 | Segunda División B | 6. miejsce | – |
1994-95 | Segunda División B | 9. miejsce | – |
1995-96 | Segunda División B | 4. miejsce | – |
1996-97 | Segunda División | 12. miejsce | – |
1997-98 | Segunda División | 9. miejsce | – |
1998-99 | Segunda División | 2. miejsce | – |
1999-2000 | Segunda División | 17. miejsce | – |
2000-01 | Segunda División B | 1. miejsce | – |
2001-02 | Segunda División B | 10. miejsce | – |
2002-03 | Segunda División B | 12. miejsce | – |
2003-04 | Segunda División B | 1. miejsce | – |
2004-05 | Segunda División B | 6. miejsce | – |
2005-06 | Segunda División B | 9. miejsce | – |
2006-07 | Segunda División B | 14. miejsce | – |
2007-08 | Segunda División B | 10. miejsce | – |
2008-09 | Segunda División B | 13. miejsce | – |
2009-10 | Segunda División B | 7. miejsce | – |
2010-11 | Segunda División B | 11. miejsce | – |
2011-12 | Segunda División B | 5. miejsce | – |
2012-13 | Segunda División B | 7. miejsce | – |
2013-14 | Segunda División B | 16. miejsce | – |
2014-15 | Segunda División B | 18. miejsce | – |
2015-16 | Tercera División | 4. miejsce | – |
2016-17 | Tercera División | 1. miejsce | – |
2017-18 | Segunda División B | 10. miejsce | – |
2018-19 | Segunda División B | 3. miejsce | – |